scGPT的环境配置

5 Mar 2025

第一步：确认自己的GPU和cuda版本

使用命令nvidia-smi可以查看自己的GPU型号及cuda版本我的相关信息如下： GPU型号为3090，cuda版本为12.2。

首先为服务器配置好科学上网，如何配置见之前的文章（），scgpt的github需求Python >= 3.7.13，这里我使用3.10进行后续的环境配置。

conda create -n sctest python=3.10

conda activate sctest

从torch的往期版本界面（https://pytorch.org/get-started/previous-versions/）找到1.13.0版本，并使用pip安装，我的cuda版本是12.2，这里选择11.7的版本安装。

pip install torch==1.13.0+cu117 torchvision==0.14.0+cu117 torchaudio==0.13.0 --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cu117

jax的依赖需要选择适合自己的版本，通过网站查找适合自己的python版本和cudnn版本的jax。

pip install jaxlib==0.4.6+cuda11.cudnn86 -f https://storage.googleapis.com/jax-releases/jax_cuda_releases.html

pip install jax==0.4.6

pip install scikit-misc statsmodels anndata scipy tqdm h5py

pip install docrep flax ipywidgets numpyro openpyxl pyro-ppl pytorch-lightning rich protobuf

pip install wandb pytest transformers einops cellxgene_census

pip install flash-attn==1.0.4 --no-build-isolation

pip install --no-deps scgpt

pip install poetry

pip install ipykernel

由于版本冲突，输入以下命令后会对其他版本的包产生冲突，但最终是可用的。

pip install scvi-tools==0.16.4             anndata==0.7.8             scanpy==1.9.3             mudata==0.2.1             scgpt==0.2.1

检查最终的版本

pip list | grep -E "anndata|scanpy|mudata|scvi|torch|jax"

所有冲突包的正确版本信息如下所示